ここの続き首席合格していた。正直、自己採点した時、少なくとも2問は足りないと思っていた。 過去の各分野平均点データがあるのでまとめてみた。この4分野は、いずれも250点ずつだった。ただし、去年まではバイオインフォマティクス（前半）が24問、同（後…

今日受験してきた。 色々なところからこの試験の話は聞いていて、バイオの知識も少しずつたまってきたので受けてみた。まず、この本を買うところから始まる。バイオインフォマティクス入門作者: 日本バイオインフォマティクス学会出版社/メーカー: 慶應義塾…

http://rosalind.info/problems/ba10e/3週間前に考えてみたがわからなかった。ここにあるthresholdの意味がわからなかった。もちろん問題文には書いてないし、ネットを探ってみても全然出てこなかった。HMM(Hidden Markov Model)とthresholdは関係無いような…

木曜日にEulerのフォーラムに書いて、金曜日に微調整してから、そろそろRosalindをやろうかと見てみたら、いつの間にか大量に問題が来ていた。あと5問だったはずなのに。 とりあえず2問解いた。

http://rosalind.info/problems/ksim/恐らく、最も正答者数が少ない問題がやっと解けた。 これであと5問になった。Strongholdはあと1問。これはもうすぐ解けるようなことを1年前に書いていたが、本当だろうか。明日からEulerが再開するので、もうなかなか解…

http://rosalind.info/problems/2f/この問題はアルゴリズムが問題文に書いてあるからその通りに書くだけである。 しかし、これを組んでみるとPyPyで16分くらいかかる。どこを直したらいいのかわからないので、仕方なくC++で組んでみた。なかなかバグが取れな…

今週、1年ぶりにROSALINDを再開した。そして、2Dを書いてみたが、例題を解いてみるとやはり1年前のメモと同じ値しか出てこない。プログラミングの問題としては非常に単純なはずなのだ。何か隠れた条件があるに違いない。ROSALINDにはそういう問題があるのだ…

http://rosalind.info/problems/list-view/とりあえず、解けるところまで解いた。残り5問を紹介する。Maximizing the Gap Symbols of an Optimal Alignment問題の意味がわからないから、コードを1行も書いていない。ちゃんと読めばわかるのかも。From Charac…

http://rosalind.info/problems/chbp/Counting Quartetsを解いた直後だったので、このときの考え方を利用すればいいのだと思った。これに基づいて組んでみると、微妙に合わない。この逆問題は非常に簡単なので、この問題でグラフを作って、そこから表を作る…

http://rosalind.info/problems/suff/これが解けてやっとこの前解けないとしていたうちStrongholdの分が全て解けた。 サンプルはすぐに出たが、正解はなかなか出なかった。テストのとき、Suffixを使わないほうがいい。

http://rosalind.info/problems/cntq/この問題は珍しくEuler風である。だいたいは問題の意味さえ分かればすぐに組めるが、この問題の意味はすぐにわかってちょっと考えなければならない。暇な時に考えようと思って、今朝電車に乗っているときにノートに書き…

http://rosalind.info/problems/cstr/ずっと問題の意味がわからなかったが、今日の昼休みに読んでいてやっとわかった。わかればコードを書くのは簡単。

http://rosalind.info/problems/cunr/何が間違っているのかどうしてもわからなかったのでカンニングした。すなわち適当なキーワードで検索した。しかしやっぱり合っているようだ。 試しにもう一度トライしたら通った。よくわからない。確かにちょこちょこコ…

消えていた問題も復活し、ようやく141問まで来た。しかし、ここへ来て解けてない問題が増えてきた。そこでメモ代わりに書いておく。 http://rosalind.info/problems/cstr/正確に問題を把握していないが、サンプルは出ている。分岐の仕方がこれでいいのかわか…

今日1問解いて確認したら、解けている問題数が減っていた。130のはずなのに112になっている。よく見たら、TextBook Trackの問題の大半が消滅していた。

http://rosalind.info/problems/4a/TextBook Trackは説明がほとんどなく、わからない用語が出てくればお手上げである。検索してもなかなか出てこない。strongholdは解説があるので、ここに用語の説明が出てくるまで地道に解いていく。しかし、4番目のセクシ…

http://rosalind.info/problems/indc/前の問題はわけもわからず解いたが、この問題は簡単、単なる2項分布。 そう思ってサンプルを解いてみたら微妙に答えがちがう。書いていないが、小数点以下3桁までだせばよいらしい。しかしその3桁目が1合わないところが…

http://rosalind.info/problems/sort/前にもだいたい同じ問題が出たので、それの小変更でよい。 ただ、制限時間の5分に近い時間がかかってしまう。たいていの問題は瞬時に解けるのでたぶん速い解法があるはずなのだ。しかし、検索してもなかなか出てこない。…

http://rosalind.info/problems/nwck/なかなか解釈することができなかった。 これで104問で95位に入った。 もうそんなに簡単に進められない。

http://rosalind.info/problems/list-view/やっとアルゴリズムパートが終わった。ソートの問題の後、ずっとグラフの問題を解いていた。 なぜバイオにグラフ理論が必要なのかというと、たぶんアセンブルに必要だからだ。アセンブルというのはシーケンスリード…

http://rosalind.info/problems/list-view/昨日までに64問解いた。 実は問題に色々なパートがあって、最初はBioinfomatics Strongholdというのを解いていたが、途中で気が付いて、Algorithmic Heightsというのを解いていた。これは純粋にアルゴリズムの問題…